依据《条例》及配套规章，农业部对进口农业转基因生物按照用途分三类进行管理：一是用于研究和试验的农业转基因生物，二是用于生产的农业转基因生物，三是用作加工原料的农业转基因生物。进口用作加工原料的农业转基因生物安全证书申请程序包括两个环节：一是境外研发商向农业部申请安全证书，经我国第三方检测机构在中国境内检测，并经农业转基因生物安全委员会评审合格的，由农业部批准发放进口用作加工原料安全证书。二是境外贸易商凭研发商获得的安全证书等资料，向农业部申请每船进口安全证书，农业部批准后发放每批次进口安全证书。