与其他农业措施一样，转基因作物的大面积种植也会带来长期的生态效应。如抗病虫害转基因作物的种植将有效控制作物病虫害的发生危害，也将诱导病虫害抗性的演化；将促使化学药剂使用量的减少，也将致使次要病虫害的暴发。抗除草剂转基因作物的利用将减少作物除草难度，但增加除草剂的污染问题以及杂草的抗性风险。因此，转基因作物大面积种植以后进行长期监控生态效应，为转基因作物的风险管理决策提供科学依据，以保障转基因作物的持续利用。