针对重点地区、重点流域和重大环境问题以及履行国际公约的要求，我国政府制定了《中国绿色工程规划》。规划分三期，第一期与“九五”计划同步，第二期与“十五”计划同步。
　　《中国绿色工程规划》第一期由1591个项目组成，其中水污染治理项目800个，大气污染治理项目334个，固体废物污染控制项目274个，生态环境保护项目117个，全球环境问题有关行动项目63个，国家环境监督管理能力建设项目3个。工程投资按“污染者付费”原则，由地方和企业解决。“九五”期间，工程建设取得阶段性成果，已竣工和开工项目1245个，占项目总数的85.7%；累计完成投资1107亿元，占项目总投资的73.8%。
　　《中国绿色工程规划》第二期规划项目1137个，投资约需2620亿元。包括“三河三湖”污水处理厂建设工程、三峡库区水污染治理工程、南水北调（东线）治污工程、渤海碧海行动计划工程、“两控区”火电厂脱硫工程、北京碧水蓝天工程、国家级自然保护区和生态功能保护区工作、危险废物集中处置工程、国家环境监测网络建设工程、国家环境科技创新工程等。
　　——“三河三湖”污水处理厂建设工程。“三河”新建、扩建152座城市污水处理厂，新增污水处理能力1064万吨/日，需要投资221亿元。“三湖”新建、扩建29座城市污水处理厂及配套管网，新增污水处理能力263万吨/日，需要投资96亿元。
　　——三峡库区水污染治理工程。建设城镇污水处理厂88座，新增城市污水集中处理能力187万吨/日，需106亿元；建设城镇垃圾处理厂69座，新增垃圾处理能力1.3万吨/日，需40亿元。
　　——南水北调（东线）治污工程。确保南水北调（东线）供水水质达到III类，建设城市污水处理厂73座，新增污水处理能力383万吨/日，需要88亿元。
　　——渤海碧海行动计划工程。环渤海城市建设11座城市污水处理厂，新增污水集中处理能力93万吨/日，需16亿元。