2016年3月3日上午，网传环保部召开了“水、气、土三司成立暨干部任职宣布大会”，并列出了三位司长的名字。下午，环保部官方网站发布《关于环境保护部机构调整的回应》，称：
“去年2月，中央有关部门批复同意环保部机构编制作部分调整，不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司，设置水、大气、土壤三个环境管理司。这是贯彻落实中央关于加强生态环境保护、推进以改善环境质量为核心各项工作有效开展的重要举措。
为积极稳妥推进这项工作，一年来，我们进行了认真调查研究，广泛听取了各方面的意见。在此基础上，研究制定了实施工作方案。由于机构调整涉及面广，内部职能、运行机制的建立和人员配备完全到位尚需要一个过程。待整个工作完成后，我部将专题向媒体发布。”

我国环保工作最早设立于建设部门，环保部门的级别较低，编制有限。从1972年到2008年，国家环保机构从国环办提升到国家环保部，水、大气、土壤的污染防治的体制也随之改革，从处级提到司级。
·阶段一：1982年以前
1972年，因官厅水库死鱼，有人以为是阶级敌人投毒。在周恩来总理过问下，成立了由万里任组长的官厅水系水源保护领导小组，这也是国家成立最早的环保部门。
1973年国家级环保机构，即国务院环境保护领导小组办公室成立，简称国环办。此时，国环办设立了水、气处。
·阶段二：1982-1998年
1982年，环境保护局成立，归属当时的城乡建设环境保护部，1984年更名为国家环保局，但依旧在建设部管理范围内，污染防治工作设在环境污染管理处。1985年后设水、气、固废三个处。
1988年，国家环境保护局从城乡建设环境保护部中独立出来，成为国务院直属机构(副部级)，设污染管理司。
·阶段三：1998-2008年
1998年，国家环境保护局升格为国家环境保护总局(正部级)。但只是国务院的直属单位，不是国务院的组成部门。环保总局设污染控制司。
·阶段四：2008-2015年
2008年，环境保护部成立，成为国务院组成部门。设污染防治司。
·阶段五：2015年——
中央有关部门批复同意环保部机构编制作部分调整，不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司，设置水、大气、土壤三个环境管理司。
为何不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司?
从环保部现有的职能划分看，这两个司的职能有重叠之处。例如污染防治司有饮用水水源地环境保护处、重点流域水污染防治处、海洋污染防治处、大气与噪声污染防治处，而总量司又有水污染物总量控制处和大气污染物总量控制处。同时，土壤防治自然生态保护司又兼有土壤防治的职能。
按照环境要素管理也是国际环保部门的趋势和地方实践的经验，例如美国国家环保局就设立有空气和辐射办公室(OfficeofAirandRadiation)、水办公室(OfficeofWater)，随着各地治霾力度加大，不少地方环保局都在污防科的基础上单独成立“大气办”。
自2013年起，“气十条”、“水十条”相继颁布，“土十条”也将于近期颁布，这些国家级的行动计划已体现了我国环境管理从总量管理向质量管理的趋势。业界期待水、大气、土壤三个环境管理司成立后，将进一步捋顺各个部门的职能，提升环境管理质量。