我国已设立多个项目，开展基于我国区域特征和国情的水环境基准研究，如973计划“湖泊水环境基准质量演变与水环境基准研究”、环保公益专项“我国环境基准技术框架与典型案例与研究”、国家重大水专项中的“流域水环境质量基准与标准体系研究”等。近年来，我国学者也出版了水环境基准研究的多部专著，并开展了基于我国特点的大量案例研究，逐步形成了适合我国国情的水环境基准研究方法体系。
大气环境基准研究方面，我国至今未发布环境空气污染物基准文件，制定环境空气质量标准主要参考国际上的环境空气质量基准研究成果，如世界卫生组织发布的空气质量准则及美国环境空气质量污染物基准的研究成果。
与国外相比，我国土壤环境基准研究起步较晚，但也已积累了不少经验，如有学者提出了采用作物生态效应方法、土壤环境背景值法和食品卫生标准反推法开展土壤环境基准研究，还有学者开展了土壤污染修复基准研究工作等。我国于1999年发布了《工业企业土壤环境质量风险评价基准》，制定了土壤基准（直接接触和迁移至地下水），用于保护企业生产活动中因不当摄入或皮肤接触土壤的工作人员，以及保证污染物不对工业企业界区内土壤下方饮用水源造成危害。
总体来说，我国环境基准研究不仅与世界发达国家存在很大的差距，同时也远远满足不了我国环保事业发展的需要。虽然新修订的《环境保护法》初步解决了环境基准研究缺乏法律支撑的局面，但目前仍存在不少难题。比如，环境基准研究缺乏系统性，研究机构授权不明；环境基准尚未有效纳入环境标准体系及环境管理工作当中；环境基准向环境标准转化机制尚处探索阶段等。