控制各企业污染物排放量。综合环境容量等诸多因素后，具体确定每个企业的排污量，并通过法律、行政等手段，对企业的排污行为形成约束。企业排污超过限定的量，将受到严格惩处。为排放达标，企业必须优化产品结构、进行技术改造或采用清洁生产工艺，排污许可证倒逼企业实行转型升级。
及时调整区域内污染物的排放。根据一定时期内区域环境质量的状况、区域污染物变化特点及污染治理的需要，各地可以结合排污许可制度，对各单位排污量等进行变更、调控，重新审核各单位排污总量，同时调整污染物在一定地区的分配，借助许可制度达到合理布局的目的。调控的广度和幅度可适当考虑当地的经济发展水平和公众对环境的要求程度。
配合排污权交易。核定企业排污指标是国际通行做法，但排污指标被企业无偿占有，失去了用经济手段调整污染项目市场准入的功能。因此，就需要在推行排污许可制度的基础上，引导排污权交易，以市场手段进行调节。从全社会角度看，排污权交易会降低污染控制的成本，减少企业偷排偷放的可能，也会相应提高企业治理污染的积极性。