水污染是中国面临的最严重环境污染之一。近20年来，水污染从局部河段到区域和流域，从单一污染到复合型污染，从地表水到地下水，严重制约可持续发展。
从“九五”开始，国务院连续3个五年批复重点水域防治计划。2006年、2007年、2008年连续3年，温家宝总理在政府工作报告里都对重点流域水污染防治工作作出了要求和部署。防治江河湖泊尤其是重点流域的水污染，成为我国环境保护工作的重中之重。
2005年年底的松花江污染事件，2007年初夏太湖蓝藻集中暴发，让人们感受到水污染带来的严重后果。淮河、滇池、巢湖等重点流域，都是治污多年，水环境质量却无明显好转，防治水污染需新思路。
2007年5月，在哈尔滨召开的松花江流域水污染防治工作会议，提出将松花江流域水污染防治提到更高的战略位置，并采取一系列举措，进一步加大污染防治力度，让松花江休养生息，促进全流域的可持续发展与和谐稳定。
这是国家第一次提出让水环境“休养生息”，其内涵就是“给江河湖泊以人文关怀，不断减轻其污染负荷，恢复生态系统的活力”。
2007年10月，党的十七大报告在分析我们前进中面临的困难和问题时，首先提到“经济增长的资源环境代价过大”。资源环境代价过大的一个突出表现就是江河湖泊污染严重，水质下降，直接威胁人民群众的生产和生活。
2008年年初，胡锦涛总书记在安徽考察淮河时发表重要讲话，明确提出要让江河湖泊休养生息，恢复生机。极大地统一了人们的思想认识，使“休养生息”不仅成为治理江河湖泊的一项政策措施，更成为站在生态文明的高度，指导新时期我国治水治污的重大战略思想。