对环境行政处理决定可用不同的方法进行分类：
（1）按环境行政处理决定是关于权利还是关于义务将其分为：权利性的环境行政处理决定和义务性环境行政处理决定，前者是指环境执法机关依法使相对人获得或丧失某种权利的决定，后者是指环境执法机关依法使相对人承担或免除一定义务的决定；
（2）按环境行政处理决定所包含的执法内容的不同分为：排污收费的决定、限期治理的决定、实施强制性应急措施的决定、批准环境影响报告书（表）的决定、批准建设项目初步设计环境保护篇章的决定、批准环保设施竣工验收的决定、批准颁发排污许可证的决定、批准环保设施闲置的决定、环境行政处罚决定等。