排污申报登记制度，与排污许可证制度区别有二：
（1）性质不同。申报登记制度在性质上是环境保护行政主管部门收集和掌握管辖区的污染和治理情况的一种途径，其目的是为当地人民政府和环境保护部门监督提供依据。原则上，排污者均须进行申报登记，具有普遍性。排污许可证是指排污单位向环境保护行政主管部门申请排污，并经批准领取许可证后进行排污活动。排污许可证在性质上是主管机关对申请排污单位的排污活动是否准允，其目的在于控制和约束排污行为。
（2）程序不同。申报登记制度只是要求排污单位按时地如实地向环境保护部门申报登记所规定的排污方面的事项，只要履行登记手续，环境保护部门不需对排污单位的排污量作出否或可的表示。而排污许可证则要求申请单位向主管机关提出申请，受理机关审查批准，发给许可证，并定期监督检查。
排污申报登记制度和排污许可证制度虽然有以上区别，但也有内在的联系，如两者都要求排污者如实申报登记有关排污情况，两者都能为环境保护主管部门提供有关排污或治理方面的信息。