按照传统观点，水电在人们眼中，是清洁、可再生和便宜的能源。但科学家研究表明，如利用不当，水电也同样能够对环境造成惊人的污染和破坏。所谓清洁能源说，具有很大程度的片面性。第一，水电同样会造成严重的环境污染。首先，建坝截流蓄水，把流动的活水变成了静止的死水，其自净能力就会大大降低，造成藻类疯长，导致水库水体的富营养化，使水质下降，以至于无法饮用和用于灌溉等。其次，有机物在分解过程中大量消耗水体中的氧气，产生大量二氧化碳并排放到大气中，形成温室效应。再次，植物在水体中发生腐烂后，在微生物的作用下，能够把水库水体中的无机汞转变为甲基汞，致使水库中的鱼类体内的含汞浓度增加。此外，由于建坝截流蓄水，会造成流域和环境生态系统的破坏。第二，水电并非可再生、永续利用的能源。例如，由于泥沙淤积、崩岸、地震和工程质量等方面的因素，一般水库大坝寿命只有几十年，最多也不超过百年。而这种情况在水土流失情况严重的我国尤其突出。第三，水电未必是经济、便宜的能源。水电常常需要庞大的移民安置费用，这部分投资，按传统的模式，是不计入建库的成本的。水电的几个功能：发电、防洪、灌溉、航运等，有时是互相矛盾的。