历史学研究表明拉古萨共和国于公元7世纪建立于一个名叫劳斯（Laus）的石岛上，这里为来自邻近埃皮道鲁斯城的达尔马提亚难民提供了庇护所，最开始建立城市的罗马人与达尔马提亚人在斯拉夫人入侵之后纷纷逃逸。而最近出现的另一种理论，则是基于新的考古学发现。在一座8世纪起就作为城市城墙一部分的拜占庭教堂内发现的物品与传统的理论相悖，拜占庭教堂的大小清楚的显示那个时代有相当大的移民潮出现，而越来越多的科学团体支持这种理论-拉古萨的建城在公元前就已经开始了，而通过近来在杜布罗夫尼克出土的越来越多的古希腊陶器则更有力的支持了这种希腊建城理论，而同样，在城市主要道路下钻孔发现天然的沙子，反驳了城市建立在劳斯岛这样一座石岛上的理论。

安东·尼切蒂奇博士在他的《杜布罗夫尼克港的历史》（克罗地亚语：Povijest dubrova?ke luke）一书中详细介绍了杜布罗夫尼克是如何被希腊水手建立起来的。而这个理论中的一个关键因素就是那个时代的船只每天可以航行的距离在45-50海里，而且需要停泊在沙滩海岸边以便在夜晚余下的时间舀出船里的水。而理想的栖息地又要求在附近有干净的水源，这两个条件杜布罗夫尼克都具备，并且它正好处于两个已知的古希腊人定居点布德瓦与科尔丘拉的距离中点上（两地之间的距离为95海里）。

在东哥特王国灭亡之后，城市处于东罗马帝国的保护之下，虽然这时城市实际上已经是一个独立的城邦，并且积极的与周围的塞尔维亚滨海城市相交往。在十字军东征之后，城市在1205-1358年处于威尼斯的统治之下，那时威尼斯已经在所有的达尔马提亚城市建立了自己的统治机构。在1358年缔结的《扎达尔和平条约》中，拉古萨作为匈牙利王国的附属国获得了相对的独立。

从14世纪到1808年，城市一直处于自主管理之中，而在15-16世纪，城市达到了它的巅峰时期，那时它的实力可以与威尼斯及其他意大利的海洋共和国一较高下。

几个世纪以来，拉古萨都与其他亚得里亚海的海洋共和国联盟与威尼斯共和国进行竞争，这个联盟也使安科纳与拉古萨这两个在亚得里亚海相对而望的城市共同对抗威尼斯人将亚得里亚海变为威尼斯湾（也就是直接或者间接控制亚得里亚海各大港口)的企图。安科纳和拉古萨之间发展了一条非传统贸易线路（不同于威尼斯的威尼斯-德国-奥地利的传统线路），这条线路起自东方，经拉古萨与安科纳，吸引了佛罗伦萨加入并最终使货物运抵佛兰德斯。

早在1272年，拉古萨共和国就创建了自己的法律，法律融合了罗马的法律，并结合当地的风俗。法律还包含了城市发展计划和因卫生原因所建立了检疫制度。

拉古萨共和国很早就接受了现代的法律和政治结构，而1301年，城市的第一家药店的开张也让城市的医疗水平开始为人所知，1317年曾因为各种原因药店停业一年。1347年，城市开放了它的第一所救济院，第一所医院（拉扎雷特医院）于1377年建立，奴隶贸易在1418年被废除，1432年开办了第一家孤儿院，一处长20公里的供水系统在1436年建成。

城市被当地有着拉丁-达尔马提亚血统的贵族统治，并建立了两级城市议会，如同那个时代其他的国家一样，它们维持着严格的社会等级制度。早在15世纪城市就废除了奴隶贸易并宣扬自由的宝贵。几个世纪以来，拉古萨共和国成功的维护了它在威尼斯共和国和奥斯曼土耳其帝国这两大强敌之间的生存空间并保持了自己稳定的统治。

城市居民所说的语言主要是拉丁-达尔马提亚语和克罗地亚语，而自11世纪后逐渐定居城市的普通居民开始一点点的用克罗地亚语替代达尔马提亚语。城市的贵族们都拥有拉丁血统，而直到17世纪，城市人口主要还是以拉丁人为主，但之后随着周围地区的克罗地亚人迁入城市，城市民族结构也发生了相应的变化。

意大利语与威尼斯方言成为了拉古萨共和国文化和贸易的重要语言，从1472年到共和国灭亡，意大利语取代了拉丁语成为城市的官方语言，同时，由于与附近和平共处的斯拉夫民族交流增多，并且受到文艺复兴时期意大利文化的熏陶，拉古萨也成为克罗地亚文学的摇篮。

城市的经济与财富一部分得益于自身的开发与发展，但最主要还是来自于海上贸易，在出色的外交技巧的帮助下，拉古萨的商人们自由的通行于陆地和海洋，城市拥有数量巨大的商船队航行于世界各地。在从印度到美洲的航行中，拉古萨商人们也找到了一些定居点，并将他们的文化与植物也带到了这些地方。他们成功的一个关键并不在于征服，而在一面书写着拉丁语自由（Libertas）于显著位置的白色旗帜的引导下进行贸易和航行。而这面旗帜是在1418年城市正式废除奴隶贸易后被采用的。

许多来自西班牙和葡萄牙的塞法迪犹太人被城市所吸引。1544年5月，一艘满载着葡萄牙难民的船只在城市停靠。就像巴尔萨泽·德·法里亚对约翰国王所汇报的那样，这些难民在城市里工作，而在那个时代最著名的火炮与钟表工匠伊万·拉布利亚宁（原葡萄牙教师，本名约翰内斯·巴普蒂斯塔·阿本西斯·德·拉·托莱）就在这批难民当中。

在经历了地中海贸易危机和夺去5000名市民生命并将城市大部分建筑夷为平地的1667年大地震后，城市开始走向衰落，1699年，城市更是将奈乌姆出售给奥斯曼土耳其帝国，以避免卷入奥斯曼土耳其帝国军队与前进的威尼斯共和国军队的战争中去。如今这块土地属于波黑，并且是波黑唯一的出海口。

1806年，城市向拿破仑军队投降，因为这是唯一的结束俄国与黑山联合舰队对城市长达一个月时间围攻的办法（在被围攻期间3000枚火炮炮弹落到城市）。起初拿破仑只是要求他的部队能自由通过这座城市，许诺不会占领此处，并强调法国人是拉古萨居民的朋友，然而，法军随后封锁了港口，迫使拉古萨共和国政府投降并让法军进入城市。这天，城墙上所有的旗帜与城徽全部被涂成黑色作为悲伤的标记。1808年，法国马尔蒙元帅废除了共和国并首先将其并入拿破仑控制下的意大利王国，不久又将城市纳入法国控制的伊利里亚省的管辖范围。

在1815年的维也纳会议之后，哈布斯堡王朝获得了这些省份，新的帝国行政管理机构建立起来了，拥有自己的议会并定都扎达尔的达尔马提亚王国建立起来。整个十九世纪都受在议会中占主导地位的自治党与人民党引入了一系列修改法案以加强中央集权，尽管这些法案生效缓慢，但机构、税务、宗教、教育和贸易结构都按新法案建立起来。而对于不幸的当地居民来说，加强中央集权的政策本来是打算刺激经济的发展的，但结果证实是失败的，并且一旦拿破仑战争所导致的个人、政治和经济创伤被克服后，新的政治组织开始在这一地区形成，这些组织要求在亚得里亚海沿岸地区进行政治重组。

有缺陷的哈布斯堡王朝的行政体系与新的拒绝面向大众的民族主义组织，这两种力量的整合，创造了一个特别令人费解的问题。对于达尔马提亚来说，它是由讲德语的、中央集权的哈布斯堡王朝统治的一个省。同时能说两种语言的（主要是克罗地亚语与意大利语）精英控制了占人口多数的信仰天主教的克罗地亚人与人数较少的（不超过300人）信仰东正教的塞尔维亚人。

1815年，前拉古萨共和国政府的贵族们聚集在一起，最后一次在莫科希察的列特尼科瓦茨开会，然而这一次贵族们为重建拉古萨共和国的所做的巨大努力也付之东流，因为自共和国灭亡后，绝大多数贵族被奥地利帝国验证了身份。

1832年，西吉斯蒙多·盖塔尔迪-贡多拉被选为拉古萨行政长官，在这座城市他执政13年，奥地利政府因此授予他男爵头衔。

拉法埃莱·波扎（1828-1890）伯爵、法学博士在1869年第一次被选为拉古萨行政长官，而在1872、1875、1882、1884年的四次选举中他也都获得胜利，而他也在1870年和1876年两次被选入达尔马提亚议会任职。1882年斯普利特民族主义者的获胜在丘尔佐拉和拉古萨地区造成了强烈的反响。这些也得到了拉古萨市长拉法埃莱·波扎和杜布罗夫尼克的国民阅读俱乐部、杜布罗夫尼克工人协会和作者署名为“斯洛维纳茨”的评论文章的支持和欢迎。而在库纳区和奥雷比奇区，特别是在奥雷比奇区，甚至在斯普利特之前就建立了民族政府。

奥地利与后来的奥匈帝国的统治持续了一个世纪还多，并且城市那时所处的气氛就如同那时世界大国所信奉的格言：划分与统治。在政党方面，奥地利对达尔马提亚沿海地区人口的分化政策充分体现出来，如克罗地亚人民党与代表意大利族利益的自治党。

1889年，塞尔维亚天主教徒集会支持自治党侯选人弗朗西斯科·盖塔尔迪-贡多拉男爵与人民党的弗拉霍·德·朱利竞选排上日程的达尔马提亚地区领导人选举。接下来几年当地政府的选举，弗朗西斯科·盖塔尔迪-贡多拉和他的自治党赢得了杜布罗夫尼克市长选举，他一直在市长的位置上直到1899年去世，而人民党联盟在1894年5月27日重新赢得了选举。弗朗西斯科·盖塔尔迪-贡多拉在1890年12月4日建立了城市集邮协会。

随着1918年奥匈帝国的崩溃，城市成为南斯拉夫王国的一部分，而城市的名称也正式从拉古萨变为杜布罗夫尼克。

1921年，达尔马提亚政治家、人民党的领导人之一佩罗·钦格里亚去世，享年84岁。由于他的努力，使得人民党与一些右翼党派在1905年合并成为一个克罗地亚政党。

在第二次世界大战期间，杜布罗夫尼克成为纳粹德国傀儡政权克罗地亚独立国的一部分，起初城市由意大利军队占领，1943年9月8日后，德军进入城市。

1944年10月，铁托领导的南斯拉夫游击队进入城市，随着南斯拉夫社会主义联邦共和国的建立，杜布罗夫尼克成为了这个国家的一部分。而在游击队进入杜布罗夫尼克之后，对于同纳粹和意大利合作的敌对分子及天主教神父进行了清除，78名敌对分子被处决。

1991年还是南斯拉夫一部分的克罗地亚与斯洛文尼亚宣布独立。而早在70年代早期为了避免老城遭到战争的破坏，老城已经非军事化并解除了军备。随着克罗地亚于1991年宣布独立，南斯拉夫人民军中的塞尔维亚族和黑山族士兵对杜布罗夫尼克发起攻击。由莫米尔·布拉托维奇领导的黑山政府忠于塞尔维亚领导人斯洛博丹·米洛舍维奇，宣称杜布罗夫尼克不被允许留在克罗地亚领土内，因为这座城市历史上是黑山的一部分，尽管城市主要的居民是克罗地亚族，只有少量的黑山族居民居住于此。而塞尔维亚族居民更是只占城市人口的百分之六。布拉托维奇政府的声明被看作是米洛舍维奇同他的民族主义支持者们建立大塞尔维亚计划的一部分，他们渴望在南斯拉夫解体后主宰这一地区。

1991年10月1日，杜布罗夫尼克被南斯拉夫人民军攻击，由此开始了持续七个月的杜布罗夫尼克包围战，同年12月6日，在南斯拉夫人民军猛烈的炮火之后，19名城市居民丧生，60名受伤。根据克罗地亚红十字会的统计，在冲突当中，共有114名杜布罗夫尼克市民被杀，其中包括著名诗人米兰·米利西奇。国外媒体普遍批评了持续攻击对老城的损害以及造成的人员伤亡。尽管如此，南斯拉夫人民军的炮兵的攻击在一定程度上损坏了城市56%的建筑。而进入联合国教科文组织世界遗产名录的杜布罗夫尼克老城城墙也遭到650次持续炮击。

1992年5月，克罗地亚军队解除了杜布罗夫尼克的围困，解放了这座城市及周边地区。但是南斯拉夫人民军的攻击所造成的突发危险还是持续了三年的时间。

随着战争的结束，被炮弹损坏的杜布罗夫尼克老城开始维修，遵循联合国教科文组织的指导方针，修复将按照原样复原。到了2005年，绝大多数被损坏的部分都修缮完毕，而在邻近城门的部分至今仍能看到炮击的痕迹，展示了围城时期所遭受的军事攻击。而从城市四周的高处远眺则可以看到城市更多明亮的新屋顶。前南斯拉夫国际战犯法庭已经对组织围城攻击的南斯拉夫人民军将领和官员进行了起诉。指挥南斯拉夫人民军炮击杜布罗夫尼克的帕夫莱·斯特鲁加尔将军被判处入狱八年。

1996年一架美国的波音T-43客机在杜布罗夫尼克机场附近坠毁，其中包括美国空军的重要人物。